Voici la liste des épisodes de la 1ère saison, celle-ci compte 23 épisodes :
Episode Pilot : Nous ne sommes pas seuls (The X-Files)
Episode 1 : Gorge profonde (Deep throat)
Episode 2 : Compressions (Squeeze)
Episode 3 : L’enlèvement (Conduit)
Episode 4 : Le diable du New Jersey (The Jersey devil)
Episode 5 : L’ombre de la mort (Shadows)
Episode 6 : Un fantôme dans l’ordinateur (Ghost in the machine)
Episode 7 : Projet Arctique (Ice)
Episode 8 : Espace (Space)
Episode 9 : L’ange déchu (Fallen angel)
Episode 10 : Eve (Eve)
Episode 11 : L’incendiaire (Fire)
Episode 12 : Le message (Beyond the sea)
Episode 13 : Masculin féminin (Gender bender)
Episode 14 : Lazare (Lazarus)
Episode 15 : Vengeance d’outre-tombe (Young at heart)
Episode 16 : Entité biologique extraterrestre (E.B.E.)
Episode 17 : L’église des miracles (Miracle man)
Episode 18 : Métamorphoses (Shapes)
Episode 19 : Quand vient la nuit (Darkness falls)
Episode 20 : Le retour de Tooms (Tooms)
Episode 21 : Renaissance (Born again)
Episode 22 : Roland (Roland)
Episode 23 : Les hybrides (The Erlenmeyer flask)